17 évvel járunk a Far Cry 5 végén látott, mindent elsöprő atomrobbanás után. Hope County romjain új élet sarjadt, a természet visszakövetelte magának, ami egykor az övé volt: a kiszínesedett, élénk rózsaszín virágokkal teli mezőket elgazosodott földutak szegélyezik, miközben pár méterrel arrébb a hegyekből futó patakok és erdei tavak vize olyan kristálytiszta, hogy szabad szemmel is látni benne a szivárványszínű halakat. Ez valóban maga a földi paradicsom, azonban az erőszak az idők folyamán itt is gyökeret vetett. Egy rettegett testvérpár, Mickey és Louis tartják rettegésben a környéket The Highwaymen nevezetű bandájukkal, akik nem elég, hogy a vidéket járva terrorizálják a megmaradt lakosságot, de hatalmas városszéli arénájukban gyilkos roncsderbiket is rendeznek. Azok, akik nem álltak be közéjük, vagy bujkálva élik mindennapjaikat, vagy csatlakoztak a fennmaradó két nagyobb csoport tagjai közé. Az egyik a túlélőknek fenntartott Prosperty nevezetű hely, ami egyben központi bázisunk is lesz a játék folyamán. A másik pedig a New Eden nevezetű törzs, akik az előző játékban megismert Joseph Seed tanaiból nőtték ki magukat, és úgy egyébként vezetőjük is maga Joseph fia, Ethan. Az Atyát már évek óta nem látta senki, az egykori prófétából és az Eden's Gate projektből a hosszú hónapok túléléssel teli viszontagságos ideje alatt szimpla mítosz lett. Tanításai ugyan kőbe vésett igazságokként szerepelnek a törzs tagjainak mindennapjaiban, azonban maga az Atya már nem több egy ködbe veszett legendánál, aki réges-rég Északra vándorolt és többé nem tért vissza.